| MirGeneDB ID | Ete-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-181-P1a Ete-Mir-181-P1b Ete-Mir-181-P1c Ete-Mir-181-P2a Ete-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 Eca-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Spt-Mir-181-P2c3 Spt-Mir-181-P2c4 Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980397: 3680901-3680964 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c) |
Mir-181-P2c
JH980397: 3680901-3680964 [-]
UCSC
Mir-181-P1c JH980397: 3681114-3681174 [-] UCSC Mir-23-P3 JH980397: 3706134-3706192 [+] UCSC Mir-27-P3 JH980397: 3706321-3706382 [+] UCSC Mir-24-P3 JH980397: 3706485-3706544 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCCCUGGGCCACCGCAAAAGUCACAAUCAACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUUGUGAAGAGCGAGGCCAGACCCACCGAAGGAUGAAUGUCACUGUGGCUGGGCCAGACACGACCUGAGGAGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCCCCUGGGCCACCGCAAA---| AUCA GUUG GUGAAGA AGUCACA ACAUUCAUU UCGGUGGGUU G UCGGUGU UGUAAGUAG AGCCACCCAG C GGAGGAGUCCAGCACAGACCGGG^ CAC- GA-- ACCGGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ete-Mir-181-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ete-Mir-181-P2c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCCACCGAAGGAUGAAUGUCAC -64
Get sequence
|
