| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-181b-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Spt-Mir-181-P2c3 Spt-Mir-181-P2c4 Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584948: 1001354-1001416 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c) |
Mir-181-P1c
JH584948: 1000000-1000061 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2c JH584948: 1001354-1001416 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAUUCUUACAAGCCCGAAAAGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUGUGUUGUUGAAGGAAAAACUCACUGAUCAAUGAAUGCAACUGUGAUUGGAAUGGACACAUCACAUGGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAUUCUUACAAGCCCGAAA--| AUCAA CU GUGUUGU AGUCACA CAUUCAUUG GUCGGUGGGUU U UUAGUGU GUAAGUAAC UAGUCACUCAA G AGGGUACACUACACAGGUAAGG^ CAAC- -- AAAGGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-181-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-181-P2c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUCACUGAUCAAUGAAUGCAA -63
Get sequence
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