| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-181a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Ami-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cja-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Eca-Mir-181-P1c Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Laf-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mdo-Mir-181-P1c Mml-Mir-181-P1c Mmr-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Neu-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P1c Pab-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Sha-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584948: 1000000-1000061 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P1c
JH584948: 1000000-1000061 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2c JH584948: 1001354-1001416 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAAACUACAAAGAUGCAAAGGUUUCAGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUUCUCAAUAAGGUUAAACCAUCGACCGUUGAGUGUACCCUGCGGCCGGAUUAGCAGCAGCUGAAUUGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUAAACUACAAAGAUGCAAA--| UU UGA CU A UUUCUCAA GGU CAG ACAUUCAACG GUCGGUG GU \ CCG GUC UGUGAGUUGC CAGCUAC CA U AGUUAAGUCGACGACGAUUAGG^ GC CCA -- - AAUUGGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-181-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-181-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCAUCGACCGUUGAGUGUACC -62
Get sequence
|
