| MirGeneDB ID | Sha-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1b Sha-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Ami-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cja-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Eca-Mir-181-P1c Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Laf-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mdo-Mir-181-P1c Mml-Mir-181-P1c Mmr-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Neu-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P1c Pab-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL841415.1: 748549-748611 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P2c
GL841415.1: 748227-748290 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c GL841415.1: 748549-748611 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGACUUCCAGAGAUGCCAGAGGCUUGGGGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGAGCAGCUGAAGGCAAACCAUCGACCGUUGAGUGGACCCUGCAGCCUUAACCUGCCACCUGACGCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGACUUCCAGAGAUGCCA--| UG AA CU A UUGAGCAG GAGGCU GGGG CAUUCAACG GUCGGUG GU C UUCCGA UCCC GUGAGUUGC CAGCUAC CA U GUCCGCAGUCCACCGUCCAA^ CG AG -- - AACGGAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-181-P1c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-181-P1c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACCAUCGACCGUUGAGUGGACC -63
Get sequence
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