| MirGeneDB ID | Loc-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1b Loc-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Ami-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cja-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Eca-Mir-181-P1c Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Laf-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mdo-Mir-181-P1c Mml-Mir-181-P1c Mmr-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Neu-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P1c Pab-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Sha-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG6: 12844223-12844282 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P1c
LG6: 12844223-12844282 [+]
Ensembl
Mir-181-P2c LG6: 12844691-12844752 [+] Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGUACAAGCUCGUUCCCGAUUCCCAGGAAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGUGUCCAAGGGAAACCACUGGCCGUUGAGUGUACCCUGUGCCUCGAACCCGCGUCAUCGUGCAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUGUACAAGCUCGUUCC--| UUCC AA CU A UUGUGUC CGA CAGG ACAUUCAACG GUCGGUG GU \ GCU GUCC UGUGAGUUGC CGGUCAC CA C GGACGUGCUACUGCGCCCAA^ CCGU CA -- - AAGGGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-181-P1c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-181-P1c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACCACUGGCCGUUGAGUGUACC -60
Get sequence
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