| MirGeneDB ID | Loc-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1b Ami-Mir-181-P1b Bta-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1b Cja-Mir-181-P1b Cli-Mir-181-P1b Cmi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1b Dno-Mir-181-P1b Dre-Mir-181-P1b2 Eca-Mir-181-P1b Ete-Mir-181-P1b Gga-Mir-181-P1b Gja-Mir-181-P1b Gmo-Mir-181-P1b2 Hsa-Mir-181-P1b Laf-Mir-181-P1b Lch-Mir-181-P1b Mal-Mir-181-P1b2 Mdo-Mir-181-P1b Mml-Mir-181-P1b Mmr-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1b Mun-Mir-181-P1b Neu-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P1b Ocu-Mir-181-P1b Pab-Mir-181-P1b Pbv-Mir-181-P1b Rno-Mir-181-P1b Sha-Mir-181-P1b Spt-Mir-181-P1b Sto-Mir-181-P1b Tgu-Mir-181-P1b Tni-Mir-181-P1b1 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 Xtr-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG21: 12499642-12499703 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1b) |
Mir-181-P2b
LG21: 12498727-12498786 [-]
Ensembl
Mir-181-P1b LG21: 12499642-12499703 [-] Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGGUAGUGUUUUCCAGGUGCCUUCGGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGAGCUUCUAACAGAAACCAUCGACCGUUGACUGUACCCUGAGGCGUACUGCUCUCAUCACCACGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGGUAGUGUUUUCCA- -| UGA U CU A UUGAGCUU GGUGC CUUCGG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ UCAUG GGAGUC UGU AGUUGC CAGCUAC CA C AACGCACCACUACUCUCG C^ CCA C -- - AAGACAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-181-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-181-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCAUCGACCGUUGACUGUACC -62
Get sequence
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