| MirGeneDB ID | Cja-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-181-P1a Cja-Mir-181-P1c Cja-Mir-181-P2a Cja-Mir-181-P2b Cja-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1b Ami-Mir-181-P1b Bta-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1b Cli-Mir-181-P1b Cmi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1b Dno-Mir-181-P1b Dre-Mir-181-P1b2 Eca-Mir-181-P1b Ete-Mir-181-P1b Gga-Mir-181-P1b Gja-Mir-181-P1b Gmo-Mir-181-P1b2 Hsa-Mir-181-P1b Laf-Mir-181-P1b Lch-Mir-181-P1b Loc-Mir-181-P1b Mal-Mir-181-P1b2 Mdo-Mir-181-P1b Mml-Mir-181-P1b Mmr-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1b Mun-Mir-181-P1b Neu-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P1b Ocu-Mir-181-P1b Pab-Mir-181-P1b Pbv-Mir-181-P1b Rno-Mir-181-P1b Sha-Mir-181-P1b Spt-Mir-181-P1b Sto-Mir-181-P1b Tgu-Mir-181-P1b Tni-Mir-181-P1b1 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 Xtr-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 170353161-170353222 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1b) |
Mir-181-P1b
CM021915.1: 170353161-170353222 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2b CM021915.1: 170354341-170354400 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACCAGGCCAACCUUCAGAGGACUCCAAGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGGAUUUGAAAAAAAACCACUGACCGUUGACUGUACCUUGGGGUCCUUAAUGACAACACUACAUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACCAGGCCAACCUUCA--| A U CU A GGGAUU GAGGACUCCAAGG ACA UCAACG GUCGGUG GUUU \ UUCCUGGGGUUCC UGU AGUUGC CAGUCAC CAAA U CUUUACAUCACAACAGUAA^ A C -- - AAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-181-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUU -25
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-181-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACUGACCGUUGACUGUACC -62
Get sequence
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