| MirGeneDB ID | Laf-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-181-P1a Laf-Mir-181-P1b Laf-Mir-181-P1c Laf-Mir-181-P2a Laf-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Spt-Mir-181-P2c3 Spt-Mir-181-P2c4 Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010053.1: 29263261-29263324 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c) |
Mir-181-P2c
GL010053.1: 29263261-29263324 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c GL010053.1: 29263468-29263528 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 GL010053.1: 29291074-29291132 [+] UCSC Ensembl Mir-27-P3 GL010053.1: 29291237-29291298 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 GL010053.1: 29291382-29291441 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCCCUAGGCCACAGCGAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUUGUGAAGAUGGAGGCCAGACCCACCGGGGGAUGAAUGUCACUGUGGCUGGGCCAGACACGGCCUGGGGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCCCUAGGCCACAGCGAA---| AUCA G UG GUGAAGA GGUCACA ACAUUCAUU U UCGGUGGGUU U UCGGUGU UGUAAGUAG G GGCCACCCAG G UAGGGGGUCCGGCACAGACCGGG^ CAC- G -- ACCGGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-181-P2c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-181-P2c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCCACCGGGGGAUGAAUGUCAC -64
Get sequence
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