| MirGeneDB ID | Laf-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-181-P1b Laf-Mir-181-P1c Laf-Mir-181-P2a Laf-Mir-181-P2b Laf-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1a Cja-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1a2 Eca-Mir-181-P1a Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Gmo-Mir-181-P1a1 Hsa-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mal-Mir-181-P1a1 Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mmr-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Neu-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Pab-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Tni-Mir-181-P1a1 Xla-Mir-181-P1a3 Xla-Mir-181-P1a4 Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010040.1: 2235784-2235845 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a) |
Mir-181-P2a
GL010040.1: 2235601-2235661 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1a GL010040.1: 2235784-2235845 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAUUCUGAGUUUAGAGGUUGCUUCAGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGAAUUAAAAUCAAAACCAUCGACCGUUGAUUGUACCCUAAGGCUAACCAACAUCUACUCCAUGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAUUCUGAGUUUAGA- -| C UGA U CU A UUGGAAUU GGUU GCUU AG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ CCAA CGGA UC UGU AGUUGC CAGCUAC CA A ACAGUACCUCAUCUACAA U^ A CCA U -- - AAACUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-181-P1a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-181-P1a_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCAUCGACCGUUGAUUGUACC -62
Get sequence
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