| MirGeneDB ID | Mal-Mir-181-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-181-P1b2 Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mal-Mir-181-P2a1 Mal-Mir-181-P2b2 Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1a Cja-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Dre-Mir-181-P1a1 Eca-Mir-181-P1a Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Gmo-Mir-181-P1a1 Hsa-Mir-181-P1a Laf-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mmr-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Neu-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Pab-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Tni-Mir-181-P1a1 Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884719.1: 1186078-1186140 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a1) |
Mir-181-P1a1
KV884719.1: 1186078-1186140 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2a1 KV884719.1: 1186314-1186374 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCACCAUCAGGUCUGUGUUCGCCCCAGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGAGCUAAAUUGAAAAAACCAUCGACCGUUGAUUGUACCCUGUGGCCAGCCUUUGUCACUCCUUGUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCACCAUCAGGUCUGU--| C C UGA U CU A GAGCUA GUU GCC CAG ACA UCAACG GUCGGUG GUUU A CGA CGG GUC UGU AGUUGC CAGCUAC CAAA A CUCUGUUCCUCACUGUUUC^ C U CCA U -- - AAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-181-P1a1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUU -25
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-181-P1a1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACCAUCGACCGUUGAUUGUACC -63
Get sequence
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