MirGeneDB ID | Mmu-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-181a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1a2 Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Gmo-Mir-181-P1a1 Hsa-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mal-Mir-181-P1a1 Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Tni-Mir-181-P1a1 Xla-Mir-181-P1a3 Xla-Mir-181-P1a4 Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr1: 137966468-137966529 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a) |
Mir-181-P1a
chr1: 137966468-137966529 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2a chr1: 137966650-137966710 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACAUCUCUGCCUCACAGGUUGCUUCAGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGAAUUCAAAUAAAAACCAUCGACCGUUGAUUGUACCCUAUAGCUAACCAUCAUCUACUCCAUGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CACAUCUCUGCCUCACA- -| UC UGA U CU A UUGGAAUU GGUU GCU AG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ CCAA CGA UC UGU AGUUGC CAGCUAC CA C CCGGUACCUCAUCUACUA U^ UA CCA U -- - AAAAUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-181-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000210 TargetScanVert: mmu-miR-181a-5p miRDB: MIMAT0000210 |
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Star sequence | Mmu-Mir-181-P1a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0000660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACCAUCGACCGUUGAUUGUACC -62
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000660 TargetScanVert: mmu-miR-181a-1-3p miRDB: MIMAT0000660 |