MirGeneDB ID | Cfa-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-181a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1a2 Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Gmo-Mir-181-P1a1 Hsa-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mal-Mir-181-P1a1 Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Tni-Mir-181-P1a1 Xla-Mir-181-P1a3 Xla-Mir-181-P1a4 Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr7: 4055465-4055526 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a) |
Mir-181-P1a
chr7: 4055465-4055526 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2a chr7: 4055651-4055710 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGUUCUGAGUUUAGAGGUUGCUUCAGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGAAUUAAAAUCAAAACCAUCGACCGUUGAUUGUACCCUAUAGCUAACCAUCAUCUACUACUCCAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAGUUCUGAGUUUAGA- -| UC UGA U CU A UUGGAAUU GGUU GCU AG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ CCAA CGA UC UGU AGUUGC CAGCUAC CA A GUACCUCAUCAUCUACUA U^ UA CCA U -- - AAACUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-181-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-181a miRDB: MIMAT0006707 |
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Star sequence | Cfa-Mir-181-P1a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACCAUCGACCGUUGAUUGUACC -62
Get sequence
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