| MirGeneDB ID | Dre-Mir-181-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-181a-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1b2 Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Dre-Mir-181-P2b2 Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1a Cja-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Eca-Mir-181-P1a Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Hsa-Mir-181-P1a Laf-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mmr-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Neu-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Pab-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr21: 8221816-8221875 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a2) |
Mir-181-P2a2
chr21: 8221672-8221730 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1a2 chr21: 8221816-8221875 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUACUAAUACCCAUCUGGUGCAUUCUGGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGAUGCAUAAUAAACCAUCGACCGUUGGCUGUGCCCUGAGAUUACCACAUACUUCGCGCAUCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUACUAAUACCCAUCU--| CA U A UU CU A UUGGAUG GGUG UUC GGG ACA CAACG GUCGGUG GU \ CCAU GAG CCC UGU GUUGC CAGCUAC CA C CAACUACGCGCUUCAUACA^ UA U G CG -- - AAUAAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-181-P1a2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-181-P1a2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACCAUCGACCGUUGGCUGUGCC -60
Get sequence
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