| MirGeneDB ID | Dre-Mir-181-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1a2 Dre-Mir-181-P1b2 Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Dre-Mir-181-P2b2 Dre-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr2: 45202237-45202295 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c1) |
Mir-181-P2c1
chr2: 45202237-45202295 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c1 chr2: 45204644-45204703 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCACCUUCAGUUCUUCAAAGGUCAUAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUAGUCUUGUAACAGCUCUCUGAACAAUGAAUGUAACUGUGGCCCAGAUUCCAGCCAGCAUUCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCACCUUCAGUUCUUCAAA--| AUCA CUG U UAGUC GGUCAUA ACAUUCAUUG UCGG GGGUU U CCGGUGU UGUAAGUAAC AGUC CUCGA U CUCCUUACGACCGACCUUAGAC^ CAA- A-- U CAAUG 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-181-P2c1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-181-P2c1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUCUCUGAACAAUGAAUGUAA -59
Get sequence
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