| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-181b-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-181-P1a Mdo-Mir-181-P1b Mdo-Mir-181-P1c Mdo-Mir-181-P2a Mdo-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Spt-Mir-181-P2c3 Spt-Mir-181-P2c4 Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 446461129-446461192 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c) |
Mir-181-P2c
3: 446461129-446461192 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c 3: 446461505-446461567 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUGCCCACCUAAACCAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUGUGAGAUCUGAGGAAAAACUCACCGAUGGAUGAAUGUCACUGUGGCUGGGCCAGACCUGGACCUGGAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUGCCCACCUAAACCAAA---| AUCA UG UGUGAGAU GGUCACA ACAUUCAU CUGUCGGUGGGU C UCGGUGU UGUAAGUA GGUAGCCACUCA U GAGAGGUCCAGGUCCAGACCGGG^ CAC- -- AAAAGGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-181-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181b-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-181-P2c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0031048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCACCGAUGGAUGAAUGUCAC -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181b-3-3p |
