| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-181b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-181-P1a Mdo-Mir-181-P1b Mdo-Mir-181-P1c Mdo-Mir-181-P2a Mdo-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2b Ami-Mir-181-P2b Bta-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2b Cja-Mir-181-P2b Cli-Mir-181-P2b Cmi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2b Cpo-Mir-181-P2b Dno-Mir-181-P2b Dre-Mir-181-P2b2 Eca-Mir-181-P2b Ete-Mir-181-P2b Gga-Mir-181-P2b Gja-Mir-181-P2b Gmo-Mir-181-P2b2 Hsa-Mir-181-P2b Laf-Mir-181-P2b Lch-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2b Mal-Mir-181-P2b2 Mml-Mir-181-P2b Mmr-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2b Mun-Mir-181-P2b Neu-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2b Pab-Mir-181-P2b Pbv-Mir-181-P2b Rno-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2b Spt-Mir-181-P2b Sto-Mir-181-P2b Tgu-Mir-181-P2b Tni-Mir-181-P2b1 Xla-Mir-181-P2b3 Xla-Mir-181-P2b4 Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
1: 419149425-419149484 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2b) |
Mir-181-P1b
1: 419148106-419148167 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2b 1: 419149425-419149484 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUGGAGAAUAAAUAUAAUGUCUGCAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUUUGAUUCAAUCAACUCACUGAUCAAUGAAUGCAAACUGCGGAUCAAAUAUCUAAAAGAGGAUGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCUGGAGAAUAAAUAUAAU--| AUCAA CU UUUGA GUCUGCA CAUUCAUUG GUCGGUGGGUU U UAGGCGU GUAAGUAAC UAGUCACUCAA U CCGUAGGAGAAAAUCUAUAAAC^ CAAAC -- CUAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-181-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181b-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-181-P2b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUCACUGAUCAAUGAAUGCAAA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181b-2-3p |
