| MirGeneDB ID | Xla-Mir-181-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-181-P1a3 Xla-Mir-181-P1a4 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 Xla-Mir-181-P2a3 Xla-Mir-181-P2a4 Xla-Mir-181-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2b Ami-Mir-181-P2b Bta-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2b Cja-Mir-181-P2b Cli-Mir-181-P2b Cmi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2b Cpo-Mir-181-P2b Dno-Mir-181-P2b Eca-Mir-181-P2b Ete-Mir-181-P2b Gga-Mir-181-P2b Gja-Mir-181-P2b Hsa-Mir-181-P2b Laf-Mir-181-P2b Lch-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2b Mdo-Mir-181-P2b Mml-Mir-181-P2b Mmr-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2b Mun-Mir-181-P2b Neu-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2b Pab-Mir-181-P2b Pbv-Mir-181-P2b Rno-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2b Spt-Mir-181-P2b Sto-Mir-181-P2b Tgu-Mir-181-P2b Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 40078885-40078944 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2b4) |
Mir-181-P1b4
NC_030739.1: 40076841-40076907 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2b4 NC_030739.1: 40078885-40078944 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGAGCGGCACACGAUAAUGGCUGCAAUAAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUGUAGUUUAGAAUAGCUCAUUGAUCAAUGAAUGCAAACUGCAGGCCACUCAACAAAGCUGAGAGAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGAGCGGCACACGAUAA- -| AUAAA CU GUAGU UGG CUGCA CAUUCAUUG GUCGGUGGGUU U ACC GACGU GUAAGUAAC UAGUUACUCGA U GGAGAGAGUCGAAACAACUC G^ CAAAC -- UAAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-181-P2b4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-181-P2b4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUCAUUGAUCAAUGAAUGCAAA -60
Get sequence
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