| MirGeneDB ID | Pab-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-181-P1a Pab-Mir-181-P1b Pab-Mir-181-P1c Pab-Mir-181-P2a Pab-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2b Ami-Mir-181-P2b Bta-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2b Cja-Mir-181-P2b Cli-Mir-181-P2b Cmi-Mir-181-P2b Cpi-Mir-181-P2b Cpo-Mir-181-P2b Dno-Mir-181-P2b Dre-Mir-181-P2b2 Eca-Mir-181-P2b Ete-Mir-181-P2b Gga-Mir-181-P2b Gja-Mir-181-P2b Gmo-Mir-181-P2b2 Hsa-Mir-181-P2b Laf-Mir-181-P2b Lch-Mir-181-P2b Loc-Mir-181-P2b Mal-Mir-181-P2b2 Mdo-Mir-181-P2b Mml-Mir-181-P2b Mmr-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2b Mun-Mir-181-P2b Neu-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2b Pbv-Mir-181-P2b Rno-Mir-181-P2b Sha-Mir-181-P2b Spt-Mir-181-P2b Sto-Mir-181-P2b Tgu-Mir-181-P2b Tni-Mir-181-P2b1 Xla-Mir-181-P2b3 Xla-Mir-181-P2b4 Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054692.2: 115990783-115990842 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2b) |
Mir-181-P1b
CM054692.2: 115989545-115989604 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2b CM054692.2: 115990783-115990842 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCAACUGAAAACACUGAUGGCUGCACUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUGAGUCUGAAUCAACUCACUGAUCGAUGAAUGCAAACUGCGGACCAAACAACCCAAAGGAAGCAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACCAACUGAAAACACUGA- -| CUCAA CU UGAGU UGG CUGCA CAUUCAUUG GUCGGUGGGUU C ACC GGCGU GUAAGUAGC UAGUCACUCAA U AAACGAAGGAAACCCAACAA A^ CAAAC -- CUAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-181-P2b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-181-P2b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUCACUGAUCGAUGAAUGCAAA -60
Get sequence
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