MirGeneDB ID | Xla-Mir-181-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCAUCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-181a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-181-P1a3 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 Xla-Mir-181-P2a3 Xla-Mir-181-P2a4 Xla-Mir-181-P2b3 Xla-Mir-181-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Hsa-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030731.1: 84359749-84359810 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a4) |
Mir-181-P2a4
NC_030731.1: 84358941-84359001 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1a4 NC_030731.1: 84359749-84359810 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAACUUUGUUUGACAUGGCUACUUUAAUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGUAUCUAAAGGCAAACCAUCGAUCGUUGACUGUACAUUACGGCAAUGCCAGUAACUUCUGUCUCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAACUUUGUUUGACAUG-----| ACUU A U CU A UUGGUAUC GCU UAAUG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ CGG AUUAC UGU AGUUGC UAGCUAC CA U ACCUCUGUCUUCAAUGACCGUAA^ C--- A C -- - AACGGAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xla-Mir-181-P1a4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-181-P1a4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACCAUCGAUCGUUGACUGUACA -62
Get sequence
|