| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-181c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-181-P1a1 Gmo-Mir-181-P1b2 Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Gmo-Mir-181-P2a1 Gmo-Mir-181-P2b2 Gmo-Mir-181-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c2 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1055: 9262-9324 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c2) |
Mir-181-P1c2
GeneScaffold_1055: 8909-8968 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2c2 GeneScaffold_1055: 9262-9324 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCUUCAAUCUCAUAGCGGGAUUUCAGUUCACAUUCAUCGCUGUCGGUGGGUUGAGAAUAAUGCUGUCAACUUGCCGGACGCUGAAUGUCAAUGAUAUCCAUGCGUAUGCAACUCCUUAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGCUUCAAUCUCAUAGCG---| U GUUC UC UG UG UGAGAAUA GGAU UCA ACAUUCA GC UCGG GGU \ CCUA AGU UGUAAGU CG GGCC UCA A ACAAUUCCUCAACGUAUGCGUA^ U AAC- -- CA GU ACUGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-181-P2c2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACAUUCAUCGCUGUCGGUGGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-181-P2c2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUGCCGGACGCUGAAUGUCAA -63
Get sequence
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