| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-181-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-181-P1a1 Gmo-Mir-181-P1b2 Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Gmo-Mir-181-P2b2 Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Hsa-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mal-Mir-181-P2a1 Mdo-Mir-181-P2a Mml-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Tni-Mir-181-P2a1 Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1671: 810721-810781 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a1) |
Mir-181-P1a1
GeneScaffold_1671: 810401-810466 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2a1 GeneScaffold_1671: 810721-810781 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCCCCAAACCACAACAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUGGCUAUGAAGAAAAGCUCACUGAACGAUGAAUGCAACUGUGUCCUCGACCUCCUCGGACCGCCCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCCCCAAACCACAACAA--| U AUCAA CUG UGGCUA AGG CACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUU U UCC GUGU GUAAGUAGC AGUCACUCGA G UGCCCGCCAGGCUCCUCCAGC^ U CAAC- A-- AAAGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-181-P2a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-181-P2a1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCACUGAACGAUGAAUGCAA -61
Get sequence
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