| MirGeneDB ID | Tni-Mir-181-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-181-P1a1 Tni-Mir-181-P1b1 Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 Tni-Mir-181-P2b1 Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2a Cja-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Eca-Mir-181-P2a Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Gmo-Mir-181-P2a1 Hsa-Mir-181-P2a Laf-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mal-Mir-181-P2a1 Mdo-Mir-181-P2a Mml-Mir-181-P2a Mmr-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Neu-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pab-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
1: 18565056-18565116 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a1) |
Mir-181-P2a1
1: 18565056-18565116 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1a1 1: 18565261-18565323 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCCUCAAGCCCGCAGCAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUAACUGUAUGGAAGAGCUCACUGAACGAUGAAUGCAACUGUGUCCCAGAUUUCAUCACAACGUCGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCCUCAAGCCCGCAGCAAA--| U AUCAA CUG AACUG GG CACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUUU U CC GUGU GUAAGUAGC AGUCACUCGAG A GAGCUGCAACACUACUUUAGAC^ U CAAC- A-- AAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-181-P2a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUU -25
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-181-P2a1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCACUGAACGAUGAAUGCAA -61
Get sequence
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