| MirGeneDB ID | Mal-Mir-181-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-181-P1a1 Mal-Mir-181-P1b2 Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mal-Mir-181-P2b2 Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2a Cja-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Eca-Mir-181-P2a Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Gmo-Mir-181-P2a1 Hsa-Mir-181-P2a Laf-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mdo-Mir-181-P2a Mml-Mir-181-P2a Mmr-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Neu-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pab-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Tni-Mir-181-P2a1 Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884719.1: 1186314-1186374 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a1) |
Mir-181-P1a1
KV884719.1: 1186078-1186140 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2a1 KV884719.1: 1186314-1186374 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUUCUAAAGCACAGCAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUAACUGUGUGGAAGAGCUCACUGAACGAUGAAUGCAACUGUGUCCCAGAUUUCAUCUGACCGUCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCUUCUAAAGCACAGCAAA--| U AUCAA CUG AACUG GG CACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUUU U CC GUGU GUAAGUAGC AGUCACUCGAG G ACACUGCCAGUCUACUUUAGAC^ U CAAC- A-- AAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-181-P2a1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUU -25
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-181-P2a1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCACUGAACGAUGAAUGCAA -61
Get sequence
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