| MirGeneDB ID | Oan-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-181c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Dre-Mir-181-P2c1 Dre-Mir-181-P2c2 Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c1 Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c1 Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Spt-Mir-181-P2c3 Spt-Mir-181-P2c4 Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c1-v1 Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 108839013-108839074 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c) |
Mir-181-P1c
NC_041749.1: 108838650-108838712 [+]
Mir-181-P2c NC_041749.1: 108839013-108839074 [+] |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUGACAUUCUUUGUUGAAAAGUCACAAUCAACAUUCAUUACUGUCGGUGGGUUGUGAUAAAUGAAAAAAACUCACCGCCAGAUGAAUGCCACUGUGGCUAGGCAUGCCGCCGACCUGAAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUGACAUUCUUUGUUGAAA--| AUCAA UA U UGUGAUAA AGUCACA CAUUCAU CUG CGGUGGGU \ UCGGUGU GUAAGUA GAC GCCACUCA A CGAAGUCCAGCCGCCGUACGGA^ CACC- -- C AAAAAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-181-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUACUGUCGGUGGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-181-P2c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUCACCGCCAGAUGAAUGCCA -62
Get sequence
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