MirGeneDB ID | Xtr-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-449a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-34-P1 Xtr-Mir-34-P2a1 Xtr-Mir-34-P2a2 Xtr-Mir-34-P2b1 Xtr-Mir-34-P2b2 Xtr-Mir-34-P3a Xtr-Mir-34-P3b Xtr-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3c Ami-Mir-34-P3c Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3c Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3c Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3c Cmi-Mir-34-P3c Cpi-Mir-34-P3c Cpo-Mir-34-P3c Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3c Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3c Gga-Mir-34-P3c Gja-Mir-34-P3c Gmo-Mir-34-P3c Hsa-Mir-34-P3c Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3c Mal-Mir-34-P3c Mdo-Mir-34-P3c Mml-Mir-34-P3c Mmu-Mir-34-P3c Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3c Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3c Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3c Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3c Sha-Mir-34-P3c Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3c Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3c Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3c Tni-Mir-34-P3c Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3c1 Xla-Mir-34-P3c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr1: 178899884-178899944 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3c) |
Mir-34-P3a
chr1: 178899500-178899564 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b chr1: 178899740-178899801 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3c chr1: 178899884-178899944 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUUCCCUAAAGAUCUGUGUUUAGAAGGAAGGCAGUGUAAUGUUAGCUGGUUGGAAAAUAGCAGACACUGGUUAACUUACACCUGCCCCCCUUCUUUACAUUAGUUCGUCGGUUGAUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUUUCCCUAAAGAUCU-- UU AA -| U UG UGGAAAA GUGU AGAAGG GGCA GUGUAA GUUAGC GU \ UACA UCUUCC CCGU CACAUU CAAUUG CA U CUCUAGUUGGCUGCUUGAU UU CC C^ - GU CAGACGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xtr-Mir-34-P3c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAAUGUUAGCUGGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-449a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xtr-Mir-34-P3c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0022716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGUUAACUUACACCUGCCCCC -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-449a-3p |