MirGeneDB ID | Xtr-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-34-P1 Xtr-Mir-34-P2a1 Xtr-Mir-34-P2a2 Xtr-Mir-34-P2b1 Xtr-Mir-34-P2b2 Xtr-Mir-34-P3a Xtr-Mir-34-P3b Xtr-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3d Ami-Mir-34-P3d Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3d Cmi-Mir-34-P3d Cpi-Mir-34-P3d Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3d Gja-Mir-34-P3d Gmo-Mir-34-P3d Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3d Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3d Mal-Mir-34-P3d Mdo-Mir-34-P3d Mun-Mir-34-P3d Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3d Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Sha-Mir-34-P3d Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3d Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3d Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3d Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3d1 Xla-Mir-34-P3d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr1: 178900526-178900583 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3d) |
Mir-34-P3a
chr1: 178899500-178899564 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b chr1: 178899740-178899801 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3c chr1: 178899884-178899944 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAAACAAAGUUUUUGUAUGUGUGGUGAUUAGGCAGUGUAUUGUUAGUUUGCUGUUGAAACUAACCAGCAACUACGUACACUACCACAUCAGCACAUGACUUUUCAUCUUGUCACAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUAAACAAAGUUUUUGUAU--| G UA C U U U UUGAA GUGUG UGAU GG AGUGUAU GU AGUU GCUG \ UACAC ACUA CC UCACAUG CA UCAA CGAC A AUACACUGUUCUACUUUUCAG^ G CA A - - - CAAUC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xtr-Mir-34-P3d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAUUGUUAGUUUGCUGU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xtr-Mir-34-P3d_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAACUACGUACACUACCACA -58
Get sequence
|