| MirGeneDB ID | Gja-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-34-P1 Gja-Mir-34-P2a Gja-Mir-34-P2b Gja-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3b Gja-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3d Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Ami-Mir-34-P3d Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3d Cmi-Mir-34-P3d Cpi-Mir-34-P3d Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3d Gmo-Mir-34-P3d Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3d Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Loc-Mir-34-P3d Mal-Mir-34-P3d Mdo-Mir-34-P3d Mgi-Mir-34 Mom-Mir-34 Mun-Mir-34-P3d Neu-Mir-34-P3d Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pau-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3d Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rph-Mir-34 Sha-Mir-34-P3d Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spt-Mir-34-P3d Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3d Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3d Tur-Mir-34 War-Mir-34 Xla-Mir-34-P3d1 Xla-Mir-34-P3d2 Xtr-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015173699.1: 557874-557932 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3d) |
Mir-34-P3a
NW_015173699.1: 554751-554807 [+]
Mir-34-P3b NW_015173699.1: 555240-555301 [+] Mir-34-P3c NW_015173699.1: 555373-555434 [+] Mir-34-P3d NW_015173699.1: 557874-557932 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACCAUCGGUGAUGUCUUGUGGGAUGGUUUGGCAGUGUACUGUUAGUUAGCUGUUAUCCAUAUUCCAGCAACUAAAUACACUUCCACAUUAUCACAUGACUUGGCAUCAGUUAGCUGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACCAUCGGUGAUGUC--|UG G U C CUG A UUAUC U UG GAUGGU UGG AGUGUA UUAGUU GCUG C A AC CUAUUA ACC UCACAU AAUCAA CGAC A AGUCGAUUGACUACGGUUC^GU A C U A-- - CUUAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gja-Mir-34-P3d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCAGUGUACUGUUAGUUAGCUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gja-Mir-34-P3d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCAACUAAAUACACUUCCACA -59
Get sequence
|
