MirGeneDB ID | Gja-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-34-P1 Gja-Mir-34-P2a Gja-Mir-34-P2b Gja-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3c Gja-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Ami-Mir-34-P3b Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3b Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3b Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3b Cmi-Mir-34-P3b Cpi-Mir-34-P3b Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3b Gga-Mir-34-P3b Hsa-Mir-34-P3b Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3b Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3b Mdo-Mir-34-P3b Mml-Mir-34-P3b Mmu-Mir-34-P3b Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3b Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3b Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3b Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3b Sha-Mir-34-P3b Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3b Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3b Tca-Mir-34 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3b1 Xla-Mir-34-P3b2 Xtr-Mir-34-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015173699.1: 555240-555301 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUUUCAUACUUUUGCUGCCUGUGUCUGGUAGGCAGUGUAGAAUUAGCUGGCUGCUUUGCUUUGACUGCAGCAGUCACUACUACACUGUUACUCGCCGCAGGAGUGGUUCAUCGUCUGAACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUUCAUACUUUUGCUG--| UCU G AAU C UUGCUU CCUGUG GGUAG CAGUGUAG UAG UGGCUGCU \ GGACGC UCAUU GUCACAUC AUC ACUGACGA U ACAAGUCUGCUACUUGGUGA^ CGC - --- - CGUCAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gja-Mir-34-P3b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAGAAUUAGCUGGCUGCU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gja-Mir-34-P3b_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAGUCACUACUACACUGUUAC -62
Get sequence
|