MirGeneDB ID | Gmo-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-449b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-34-P1 Gmo-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3c Ami-Mir-34-P3c Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3c Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3c Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3c Cmi-Mir-34-P3c Cpi-Mir-34-P3c Cpo-Mir-34-P3c Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3c Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3c Gga-Mir-34-P3c Gja-Mir-34-P3c Hsa-Mir-34-P3c Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3c Mal-Mir-34-P3c Mdo-Mir-34-P3c Mml-Mir-34-P3c Mmu-Mir-34-P3c Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3c Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3c Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3c Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3c Sha-Mir-34-P3c Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3c Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3c Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3c Tni-Mir-34-P3c Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3c1 Xla-Mir-34-P3c2 Xtr-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4451: 23964-24018 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3c) |
Mir-34-P3d
GeneScaffold_4451: 23653-23711 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3c GeneScaffold_4451: 23964-24018 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUCUAUUUUUUAAGUUGUGGCUGGUUUGGAGGCAGUGCAAUGUUAGUUGACGUAUUAUUGGUCAAUUAACAAUGCUCUGGAUCCUGACUUGCUACCUGAGACUACAUCACACUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUCUAUUUUUUAAGUU--| U U GG U A GUAU GUGGC GGUU GGA CAG GCA UGUUAGUUGAC \ CAUCG UCAG CCU GUC CGU ACAAUUAACUG U AUCACACUACAUCAGAGUC^ U U AG U A GUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-34-P3c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044287 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGCAAUGUUAGUUGAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Mir-34-P3c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- CAAUUAACAAUGCUCUGGAUCC -55
Get sequence
|