MirGeneDB ID | Gmo-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-34-P3c Gmo-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P1 Ami-Mir-34-P1 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P1 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P1 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P1 Cmi-Mir-34-P1 Cpi-Mir-34-P1 Cpo-Mir-34-P1 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P1 Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P1 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P1 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P1 Gga-Mir-34-P1 Gja-Mir-34-P1 Hsa-Mir-34-P1 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P1 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P1 Mal-Mir-34-P1 Mdo-Mir-34-P1 Mml-Mir-34-P1 Mmu-Mir-34-P1 Mun-Mir-34-P1 Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P1 Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P1 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P1 Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P1 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P1 Sha-Mir-34-P1 Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P1 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P1 Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P1 Tni-Mir-34-P1 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P1a Xla-Mir-34-P1b Xtr-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4582: 174802-174866 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUAGACUUGCCUACUGUGGGUGUUUCUCUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGAGGAGUGAGAACGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCGCAGAAACUCUCGCGAUAUAUGGGCCCUGGAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUAGACUUGCCUACU-- U C -| A UGUGAGGAG GUGGG GUUUCU UGGCAGUGU CUU GCUGGUUGU \ CGCUC CAAAGA GCCGUCAUA GAA CGACUAACG U CAAGGUCCCGGGUAUAUAG U C U^ - AAGCAAGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-34-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Mir-34-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AAUCAGCAAGUAUACUGCCGCA -65
Get sequence
|