| MirGeneDB ID | Ami-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-449a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-34-P1 Ami-Mir-34-P2a Ami-Mir-34-P2b Ami-Mir-34-P3a Ami-Mir-34-P3b Ami-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3c Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3c Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P3c Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3c Cmi-Mir-34-P3c Cpi-Mir-34-P3c Cpo-Mir-34-P3c Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3c Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P3c Gga-Mir-34-P3c Gja-Mir-34-P3c Gmo-Mir-34-P3c Hsa-Mir-34-P3c Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3c Mal-Mir-34-P3c Mdo-Mir-34-P3c Mml-Mir-34-P3c Mmu-Mir-34-P3c Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3c Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3c Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3c Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3c Sha-Mir-34-P3c Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P3c Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3c Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3c Tni-Mir-34-P3c Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3c1 Xla-Mir-34-P3c2 Xtr-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017712138.1: 29165345-29165403 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3c) |
Mir-34-P3d
NW_017712138.1: 29164110-29164168 [-]
UCSC
Mir-34-P3c NW_017712138.1: 29165345-29165403 [-] UCSC Mir-34-P3b NW_017712138.1: 29165493-29165553 [-] UCSC Mir-34-P3a NW_017712138.1: 29165972-29166036 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACCAGUUUUGAAAACAGUGUGUGAUGGGAAGGCAGUGUACUGUUAGCUGGUGUCAGUUUUUUCAACCAGCUAACAUGCAGCUGCUAUCCUACUGCACAAACUUUGAUCACUGAAGUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GACCAGUUUUGAAAACAG-- GA A -| C GUCAGU UGUGU UGGGA GGCAG UGUA UGUUAGCUGGU \ ACACG AUCCU UCGUC ACGU ACAAUCGACCA U CGUGAAGUCACUAGUUUCAA UC A G^ - ACUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-34-P3c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCAGUGUACUGUUAGCUGGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-34-P3c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGCUAACAUGCAGCUGCUAUC -59
Get sequence
|
