| MirGeneDB ID | Ami-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-449c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-34-P1 Ami-Mir-34-P2a Ami-Mir-34-P2b Ami-Mir-34-P3b Ami-Mir-34-P3c Ami-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3a Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cja-Mir-34-P3a-v1 Cli-Mir-34-P3a Cmi-Mir-34-P3a Cpi-Mir-34-P3a Cpo-Mir-34-P3a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3a Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3a Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Hsa-Mir-34-P3a-v1 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3a Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Loc-Mir-34-P3a Mgi-Mir-34 Mmu-Mir-34-P3a Mom-Mir-34 Mun-Mir-34-P3a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3a Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pab-Mir-34-P3a Pau-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3a Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rno-Mir-34-P3a Rph-Mir-34 Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3a Tur-Mir-34 War-Mir-34 Xla-Mir-34-P3a1 Xla-Mir-34-P3a2 Xtr-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017712138.1: 29165972-29166036 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3a) |
Mir-34-P3d
NW_017712138.1: 29164110-29164168 [-]
UCSC
Mir-34-P3c NW_017712138.1: 29165345-29165403 [-] UCSC Mir-34-P3b NW_017712138.1: 29165493-29165553 [-] UCSC Mir-34-P3a NW_017712138.1: 29165972-29166036 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUAGAGACUGAGUAUGAGAAUGUUUCAGUUUGGCAGUGCAUUGCUAGCUGGCUGUUGUGUACGUGUGUUAACAGUUGCUAGCUGUACUCCAUAUUGUUGCAUUCAGAAACAUCAUGGAAAUGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUAGAGACUGAGUAUGA--| UU U C UU U GUGUAC GAAUGU CAGU UGG AGUGCA GCUAGC GGCUGUU \ CUUACG GUUA ACC UCAUGU CGAUCG UUGACAA G CGGUAAAGGUACUACAAAGA^ UU U - -- - UUGUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The Drosha cut appears to be shifted -1 relative to other vertebrates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-34-P3a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGCAGUGCAUUGCUAGCUGGCUGUU -27
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-34-P3a_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAGUUGCUAGCUGUACUCCAUAU -65
Get sequence
|
