| MirGeneDB ID | Pab-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-34-P1 Pab-Mir-34-P2a Pab-Mir-34-P2b Pab-Mir-34-P3b Pab-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3a Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Ami-Mir-34-P3a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cja-Mir-34-P3a-v1 Cli-Mir-34-P3a Cmi-Mir-34-P3a Cpi-Mir-34-P3a Cpo-Mir-34-P3a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3a Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3a Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Hsa-Mir-34-P3a-v1 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3a Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Loc-Mir-34-P3a Mgi-Mir-34 Mmu-Mir-34-P3a Mom-Mir-34 Mun-Mir-34-P3a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3a Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pau-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3a Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rno-Mir-34-P3a Rph-Mir-34 Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3a Tur-Mir-34 War-Mir-34 Xla-Mir-34-P3a1 Xla-Mir-34-P3a2 Xtr-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054683.2: 64274461-64274521 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3a) |
Mir-34-P3c
CM054683.2: 64272730-64272791 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b CM054683.2: 64272852-64272911 [-] UCSC Ensembl Mir-34-P3a CM054683.2: 64274461-64274521 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAAUGGAUAAAGCUGGGAUGUGUCAGGUAGGCAGUGUAUUGCUAGCGGCUGUUAAUAAAAUUUUAACAGUUGCUAGUUGCACUCUCUGUUGCAUUCAGAAGCACGCCCCCCAAAGAAAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAAUGGAUAAAGCUG------| U GUA C UU AAUAA GGAUGUG CAG GG AGUGUA GCUAGCGGCUGUU \ CUUACGU GUC UC UCACGU UGAUCGUUGACAA A UAAAGAAACCCCCCGCACGAAGA^ U --- - -- UUUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pab-Mir-34-P3a_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCAGUGUAUUGCUAGCGGCUGUU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pab-Mir-34-P3a_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUUGCUAGUUGCACUCUCUGU -61
Get sequence
|
