| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-449c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-34-P1 Cpo-Mir-34-P2a Cpo-Mir-34-P2b Cpo-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3a Ami-Mir-34-P3a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3a Cmi-Mir-34-P3a Cpi-Mir-34-P3a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3a Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3a Hsa-Mir-34-P3a-v1 Hsa-Mir-34-P3a-v2 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3a Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3a Mmu-Mir-34-P3a Mun-Mir-34-P3a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3a Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3a Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3a Sko-Mir-34 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3a Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3a1 Xla-Mir-34-P3a2 Xtr-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_29: 6899940-6900004 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3a) |
Mir-34-P3a
scaffold_29: 6899940-6900004 [+]
UCSC
Mir-34-P3c scaffold_29: 6900585-6900645 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAAAAGGUGAAACUUGGAUGUGACAGAUAGGCAGUGCAUUGCUAGCUGGCUGUUAAGAUUUUUCAUUUUAGCAGUUGCUAGUUGCACUCCUCUCUGUUGCAAUCAGAAGCGUGCUACCCAAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAAAAGGUGAAACUU--| A UG U C UU U AAGAUUU GG UG ACAGA AGG AGUGCA GCUAGC GGCUGUU \ CU AC UGUCU UCC UCACGU UGAUCG UUGACGA U GUAACCCAUCGUGCGAAGA^ A GU C - -- - UUUUACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpo-Mir-34-P3a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCAGUGCAUUGCUAGCUGGCUGUU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpo-Mir-34-P3a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CAGUUGCUAGUUGCACUCCUCU -65
Get sequence
|
