| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-449c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-34-P1 Cpi-Mir-34-P2a Cpi-Mir-34-P2b Cpi-Mir-34-P3b Cpi-Mir-34-P3c Cpi-Mir-34-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3a Ami-Mir-34-P3a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3a Cmi-Mir-34-P3a Cpo-Mir-34-P3a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3a Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3a Hsa-Mir-34-P3a-v1 Hsa-Mir-34-P3a-v2 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3a Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3a Mmu-Mir-34-P3a Mun-Mir-34-P3a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P3a Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3a Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3a Sko-Mir-34 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3a Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3a1 Xla-Mir-34-P3a2 Xtr-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584718: 640084-640149 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3a) |
Mir-34-P3a
JH584718: 640084-640149 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b JH584718: 641059-641119 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3c JH584718: 641224-641281 [+] UCSC Ensembl Mir-34-P3d JH584718: 642854-642912 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUACUGAUGGAGCACAAGGAUGUGACAGUUUGGCAGUGCCUUGCUAGCUGGCUGUUGAGAACUUGAUAUAUGAACAGUUGCUAGCUGCACUCCACAUUGUUGCAUUCAAAAGCAUCCUAGAAGUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUACUGAUGGAGCACAA--| UG U C CUU U GAGAACU GGAUG ACAGU UGG AGUGC GCUAGC GGCUGUU U CUUAC UGUUA ACC UCACG CGAUCG UUGACAA G ACUGAAGAUCCUACGAAAA^ GU C - U-- - GUAUAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | This is a possible Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-34-P3a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCAGUGCCUUGCUAGCUGGCUGUU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-34-P3a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CAGUUGCUAGCUGCACUCCACA -66
Get sequence
|
