MirGeneDB ID | Ocu-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-34-P1 Ocu-Mir-34-P2a Ocu-Mir-34-P2b Ocu-Mir-34-P3b Ocu-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P3a Ami-Mir-34-P3a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P3a Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P3a Cmi-Mir-34-P3a Cpi-Mir-34-P3a Cpo-Mir-34-P3a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P3a Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gga-Mir-34-P3a Gja-Mir-34-P3a Hsa-Mir-34-P3a-v1 Hsa-Mir-34-P3a-v2 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P3a Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P3a Mmu-Mir-34-P3a Mun-Mir-34-P3a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P3a Obi-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P3a Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P3 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P3a Sko-Mir-34 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P3a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P3a Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P3a1 Xla-Mir-34-P3a2 Xtr-Mir-34-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr11: 71143078-71143138 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P3a) |
Mir-34-P3c
chr11: 71142265-71142326 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P3b chr11: 71142387-71142447 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCGGAGGCCGAGGCGUGGAUGUGUCAGGUCGGCAGUGCACCGCUAGCUGGCUGUCGGGAUGCGGGUCACAGCCGCUGGCUGCACUCCCCUCUGUGGCGUCCGGAAGCCGGCCUCCCGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCGGAGGCCGAGGCGU--| GU UC C CC U CGGGAU GGAUGU CAGG GG AGUGCA GCUAGC GGCUGU \ CCUGCG GUCU CC UCACGU CGGUCG CCGACA G GAGGCCCUCCGGCCGAAGG^ GU CC - -- - CUGGGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-34-P3a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGCAGUGCACCGCUAGCUGGCUGU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-34-P3a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAGCCGCUGGCUGCACUCCCCU -61
Get sequence
|