MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Xbo-Mir-133

Family name MIR-133 (all species)
Species Xenoturbella (Xenoturbella bocki)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-133  Aca-Mir-133-P1-v1  Aca-Mir-133-P2-v1  Aca-Mir-133-P3-v1  Aca-Mir-133-P4-v1  Aga-Mir-133  Ami-Mir-133-P1-v1  Ami-Mir-133-P2-v1  Ami-Mir-133-P3-v1  Ami-Mir-133-P4-v1  Asu-Mir-133  Bfl-Mir-133-v1  Bge-Mir-133  Bla-Mir-133-v1  Bta-Mir-133-P1-v1  Bta-Mir-133-P2-v1  Bta-Mir-133-P3-v1  Cbr-Mir-133  Cel-Mir-133  Cfa-Mir-133-P1-v1  Cfa-Mir-133-P2-v1  Cfa-Mir-133-P3-v1  Cin-Mir-133  Cja-Mir-133-P1  Cja-Mir-133-P2  Cja-Mir-133-P3  Cli-Mir-133-P1-v1  Cli-Mir-133-P2-v1  Cli-Mir-133-P3-v1  Cli-Mir-133-P4-v1  Cmi-Mir-133-P1-v1  Cmi-Mir-133-P3-v1  Cmi-Mir-133-P4-v1  Cpi-Mir-133-P1-v1  Cpi-Mir-133-P2-v1  Cpi-Mir-133-P3-v1  Cpi-Mir-133-P4-v1  Cpo-Mir-133-P1-v1  Cpo-Mir-133-P2-v1  Cpo-Mir-133-P3-v1  Csc-Mir-133-P18  Csc-Mir-133-P19a  Csc-Mir-133-P19b  Cte-Mir-133  Dan-Mir-133  Dgr-Mir-133  Dlo-Mir-133  Dma-Mir-133  Dme-Mir-133  Dmo-Mir-133  Dno-Mir-133-P1-v1  Dno-Mir-133-P2-v1  Dno-Mir-133-P3-v1  Dpu-Mir-133  Dre-Mir-133-P1-v1  Dre-Mir-133-P2a-v1  Dre-Mir-133-P2b-v1  Dre-Mir-133-P3-v1  Dsi-Mir-133  Dya-Mir-133  Eba-Mir-133  Ebu-Mir-133-P5a-v1  Ebu-Mir-133-P5b-v1  Ebu-Mir-133-P6a-v1  Ebu-Mir-133-P6b-v1  Ebu-Mir-133-P7-v1  Ebu-Mir-133-P8-v1  Eca-Mir-133-P1-v1  Eca-Mir-133-P2-v1  Eca-Mir-133-P3-v1  Efe-Mir-133  Egr-Mir-133  Esc-Mir-133  Ete-Mir-133-P1-v1  Ete-Mir-133-P2-v1  Ete-Mir-133-P3-v1  Gga-Mir-133-P1-v1  Gga-Mir-133-P2-v1  Gga-Mir-133-P3-v1  Gga-Mir-133-P4-v1  Gja-Mir-133-P1-v1  Gja-Mir-133-P2-v1  Gja-Mir-133-P3-v1  Gja-Mir-133-P4-v1  Gmo-Mir-133-P1-v1  Gmo-Mir-133-P2a-v1  Gmo-Mir-133-P3-v1  Gpa-Mir-133  Gsp-Mir-133  Hme-Mir-133  Hru-Mir-133  Hsa-Mir-133-P1-v1  Hsa-Mir-133-P2-v1  Hsa-Mir-133-P3-v1  Isc-Mir-133  Laf-Mir-133-P1-v1  Laf-Mir-133-P2  Laf-Mir-133-P3-v1  Lan-Mir-133  Lch-Mir-133-P1  Lch-Mir-133-P2  Lch-Mir-133-P3  Lch-Mir-133-P4  Lgi-Mir-133  Lhy-Mir-133  Llo-Mir-133  Loc-Mir-133-P1-v1  Loc-Mir-133-P2-v1  Loc-Mir-133-P3-v1  Lpo-Mir-133-P11  Lpo-Mir-133-P12  Lpo-Mir-133-P13  Lpo-Mir-133-P14  Lpo-Mir-133-P15  Mal-Mir-133-P1-v1  Mal-Mir-133-P2a-v1  Mal-Mir-133-P3-v1  Mdo-Mir-133-P1-v1  Mdo-Mir-133-P2-v1  Mdo-Mir-133-P3-v1  Mgi-Mir-133  Mml-Mir-133-P1-v1  Mml-Mir-133-P2-v1  Mml-Mir-133-P3-v1  Mmr-Mir-133-P1-v1  Mmr-Mir-133-P2-v1  Mmr-Mir-133-P3-v1  Mmu-Mir-133-P1-v1  Mmu-Mir-133-P2-v1  Mmu-Mir-133-P3-v1  Mom-Mir-133  Mun-Mir-133-P1-v1  Mun-Mir-133-P2-v1  Mun-Mir-133-P3-v1  Mun-Mir-133-P4-v1  Neu-Mir-133-P1-v1  Neu-Mir-133-P3-v1  Npo-Mir-133-P20  Npo-Mir-133-P21  Oan-Mir-133-P1-v1  Oan-Mir-133-P2-v1  Oan-Mir-133-P3-v1  Oan-Mir-133-P4-v1  Obi-Mir-133  Ocu-Mir-133-P1-v1  Ocu-Mir-133-P2-v1  Ofu-Mir-133  Ovu-Mir-133  Pab-Mir-133-P1  Pab-Mir-133-P2  Pab-Mir-133-P3  Pau-Mir-133  Pbv-Mir-133-P1-v1  Pbv-Mir-133-P2-v1  Pbv-Mir-133-P3-v1  Pbv-Mir-133-P4-v1  Pca-Mir-133  Pcr-Mir-133  Pdu-Mir-133  Pfl-Mir-133-v1  Pma-Mir-133-o1-v1  Pma-Mir-133-o2-v1  Pma-Mir-133-o3-v1  Pma-Mir-133-o4-v1  Pmi-Mir-133-P9a  Pmi-Mir-133-P9b  Pve-Mir-133  Rno-Mir-133-P1-v1  Rno-Mir-133-P2-v1  Rno-Mir-133-P3-v1  Rph-Mir-133  Sha-Mir-133-P1-v1  Sha-Mir-133-P2-v1  Sha-Mir-133-P3-v1  Sko-Mir-133-v1  Sma-Mir-133  Sme-Mir-133-P16  Sme-Mir-133-P17  Snu-Mir-133  Spt-Mir-133-P1  Spt-Mir-133-P2  Spt-Mir-133-P3  Spt-Mir-133-P4  Spu-Mir-133  Sto-Mir-133-P1-v1  Sto-Mir-133-P3-v1  Sto-Mir-133-P4-v1  Tca-Mir-133  Tgu-Mir-133-P1-v1  Tgu-Mir-133-P2-v1  Tgu-Mir-133-P3-v1  Tgu-Mir-133-P4-v1  Tni-Mir-133-P1-v1  Tni-Mir-133-P2a-v1  Tur-Mir-133  War-Mir-133  Xla-Mir-133-P1a-v1  Xla-Mir-133-P1b-v1  Xla-Mir-133-P2c-v1  Xla-Mir-133-P2d-v1  Xla-Mir-133-P3a-v1  Xla-Mir-133-P3b-v1  Xla-Mir-133-P4a  Xla-Mir-133-P4b  Xtr-Mir-133-P1-v1  Xtr-Mir-133-P2-v1  Xtr-Mir-133-P3-v1  Xtr-Mir-133-P4-v1 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(genome.xe)		 scaffold10079: 29259-29318 [-] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-133)		 Mir-133 scaffold10079: 29259-29318 [-] UCSC Ensembl
Mir-1 scaffold10079: 30859-30918 [-] UCSC Ensembl
Seed UUGGUCC
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
AUGUCGCUGUGAGGACUGCGGCUUGGUUCUAGCCAGUAGUGAGGACACAAACCUGGAAUUGAACAUGGGUUGGUCCCCUCAACUGGUUGUAUCCUUGCCUGUAACAUCAACGUUGGACUC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        60
AUGUCGCUGUGAGGACUGC--|  UU  UUC        AG     AC  A     GGAAU 
                     GGC  GG   UAGCCAGU  UGAGG  AC AACCU     U
                     CCG  CC   GUUGGUCA  ACUCC  UG UUGGG     G
CUCAGGUUGCAACUACAAUGU^  UU  UAU        --     CC  G     UACAA 
.       110       100        90          80        70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU Unknown
MotifsUG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17)
Tissue expression
- +
To To To
Star sequence

Xbo-Mir-133_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- AGCCAGUAGUGAGGACACAAACCU -24
Get sequence
Mature sequence

Xbo-Mir-133_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
38- GUUGGUCCCCUCAACUGGUUGU -60
Get sequence