| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-133-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-133c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-133-P1-v1 Cpi-Mir-133-P2-v1 Cpi-Mir-133-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P4-v1 Aga-Mir-133 Ami-Mir-133-P4-v1 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cli-Mir-133-P4-v1 Cmi-Mir-133-P4-v1 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gga-Mir-133-P4-v1 Gja-Mir-133-P4-v1 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P4 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P4-v1 Oan-Mir-133-P4-v1 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P4-v1 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pma-Mir-133-o4-v1 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P4 Spu-Mir-133 Sto-Mir-133-P4-v1 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P4-v1 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P4a Xla-Mir-133-P4b Xtr-Mir-133-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584691: 3527810-3527867 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P4-v1) |
Mir-1-P4
JH584691: 3527598-3527660 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P4-v1 JH584691: 3527810-3527867 [+] UCSC Ensembl Mir-133-P4-v2 JH584691: 3527810-3527867 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cpi-Mir-133-P4-v1 |
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| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGGGCCCUGGAGAGAGUGUGUCCCUGGGGCUGGUAAAAAGGAACCAGAUCAACUUGGAACUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGCAGUGGCGCAUACGCCAGCCUCACCAGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGGGCCCUGGAGAGA--| C G AAA A- AACUU GUGUGUC CUG GGCUGGU AAGG ACCAGAUC G UACGCGG GAC UCGACCA UUCC UGGUUUAG G GCGGACCACUCCGACCGCA^ U G AC- CC GUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-133-P4-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUAAAAAGGAACCAGAUC -22
Get sequence
|
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| Mature sequence | Cpi-Mir-133-P4-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUG -58
Get sequence
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| Variant | Cpi-Mir-133-P4-v2 |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGGGCCCUGGAGAGAGUGUGUCCCUGGGGCUGGUAAAAAGGAACCAGAUCAACUUGGAACUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGCAGUGGCGCAUACGCCAGCCUCACCAGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGGGCCCUGGAGAGA--| C G AAA A- CAACUU GUGUGUC CUG GGCUGGU AAGG ACCAGAU G UACGCGG GAC UCGACCA UUCC UGGUUUA G GCGGACCACUCCGACCGCA^ U G AC- CC GGUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-133-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUAAAAAGGAACCAGAU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-133-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUG -58
Get sequence
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