MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Cel-Mir-133

Family name

MIR-133 (all species)

Species

Roundworm (Caenorhabditis elegans)

MiRBase ID

cel-mir-245

Paralogues

Orthologues

Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P1-v1 Aca-Mir-133-P2-v1 Aca-Mir-133-P3-v1 Aca-Mir-133-P4-v1 Aga-Mir-133 Ami-Mir-133-P1-v1 Ami-Mir-133-P2-v1 Ami-Mir-133-P3-v1 Ami-Mir-133-P4-v1 Asu-Mir-133 Bfl-Mir-133-v1 Bge-Mir-133 Bla-Mir-133-v1 Bta-Mir-133-P1-v1 Bta-Mir-133-P2-v1 Bta-Mir-133-P3-v1 Cbr-Mir-133 Cfa-Mir-133-P1-v1 Cfa-Mir-133-P2-v1 Cfa-Mir-133-P3-v1 Cin-Mir-133 Cja-Mir-133-P1 Cja-Mir-133-P2 Cja-Mir-133-P3 Cli-Mir-133-P1-v1 Cli-Mir-133-P2-v1 Cli-Mir-133-P3-v1 Cli-Mir-133-P4-v1 Cmi-Mir-133-P1-v1 Cmi-Mir-133-P3-v1 Cmi-Mir-133-P4-v1 Cpi-Mir-133-P1-v1 Cpi-Mir-133-P2-v1 Cpi-Mir-133-P3-v1 Cpi-Mir-133-P4-v1 Cpo-Mir-133-P1-v1 Cpo-Mir-133-P2-v1 Cpo-Mir-133-P3-v1 Csc-Mir-133-P18 Csc-Mir-133-P19a Csc-Mir-133-P19b Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dno-Mir-133-P1-v1 Dno-Mir-133-P2-v1 Dno-Mir-133-P3-v1 Dpu-Mir-133 Dre-Mir-133-P1-v1 Dre-Mir-133-P2a-v1 Dre-Mir-133-P2b-v1 Dre-Mir-133-P3-v1 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Ebu-Mir-133-P5a-v1 Ebu-Mir-133-P5b-v1 Ebu-Mir-133-P6a-v1 Ebu-Mir-133-P6b-v1 Ebu-Mir-133-P7-v1 Ebu-Mir-133-P8-v1 Eca-Mir-133-P1-v1 Eca-Mir-133-P2-v1 Eca-Mir-133-P3-v1 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Ete-Mir-133-P1-v1 Ete-Mir-133-P2-v1 Ete-Mir-133-P3-v1 Gga-Mir-133-P1-v1 Gga-Mir-133-P2-v1 Gga-Mir-133-P3-v1 Gga-Mir-133-P4-v1 Gja-Mir-133-P1-v1 Gja-Mir-133-P2-v1 Gja-Mir-133-P3-v1 Gja-Mir-133-P4-v1 Gmo-Mir-133-P1-v1 Gmo-Mir-133-P2a-v1 Gmo-Mir-133-P3-v1 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Hsa-Mir-133-P1-v1 Hsa-Mir-133-P2-v1 Hsa-Mir-133-P3-v1 Isc-Mir-133 Laf-Mir-133-P1-v1 Laf-Mir-133-P2 Laf-Mir-133-P3-v1 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P1 Lch-Mir-133-P2 Lch-Mir-133-P3 Lch-Mir-133-P4 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Loc-Mir-133-P1-v1 Loc-Mir-133-P2-v1 Loc-Mir-133-P3-v1 Lpo-Mir-133-P11 Lpo-Mir-133-P12 Lpo-Mir-133-P13 Lpo-Mir-133-P14 Lpo-Mir-133-P15 Mal-Mir-133-P1-v1 Mal-Mir-133-P2a-v1 Mal-Mir-133-P3-v1 Mdo-Mir-133-P1-v1 Mdo-Mir-133-P2-v1 Mdo-Mir-133-P3-v1 Mgi-Mir-133 Mml-Mir-133-P1-v1 Mml-Mir-133-P2-v1 Mml-Mir-133-P3-v1 Mmr-Mir-133-P1-v1 Mmr-Mir-133-P2-v1 Mmr-Mir-133-P3-v1 Mmu-Mir-133-P1-v1 Mmu-Mir-133-P2-v1 Mmu-Mir-133-P3-v1 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P1-v1 Mun-Mir-133-P2-v1 Mun-Mir-133-P3-v1 Mun-Mir-133-P4-v1 Neu-Mir-133-P1-v1 Neu-Mir-133-P3-v1 Npo-Mir-133-P20 Npo-Mir-133-P21 Oan-Mir-133-P1-v1 Oan-Mir-133-P2-v1 Oan-Mir-133-P3-v1 Oan-Mir-133-P4-v1 Obi-Mir-133 Ocu-Mir-133-P1-v1 Ocu-Mir-133-P2-v1 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pab-Mir-133-P1 Pab-Mir-133-P2 Pab-Mir-133-P3 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P1-v1 Pbv-Mir-133-P2-v1 Pbv-Mir-133-P3-v1 Pbv-Mir-133-P4-v1 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pfl-Mir-133-v1 Pma-Mir-133-o1-v1 Pma-Mir-133-o2-v1 Pma-Mir-133-o3-v1 Pma-Mir-133-o4-v1 Pmi-Mir-133-P9a Pmi-Mir-133-P9b Pve-Mir-133 Rno-Mir-133-P1-v1 Rno-Mir-133-P2-v1 Rno-Mir-133-P3-v1 Rph-Mir-133 Sha-Mir-133-P1-v1 Sha-Mir-133-P2-v1 Sha-Mir-133-P3-v1 Sko-Mir-133-v1 Sma-Mir-133 Sme-Mir-133-P16 Sme-Mir-133-P17 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P1 Spt-Mir-133-P2 Spt-Mir-133-P3 Spt-Mir-133-P4 Spu-Mir-133 Sto-Mir-133-P1-v1 Sto-Mir-133-P3-v1 Sto-Mir-133-P4-v1 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P1-v1 Tgu-Mir-133-P2-v1 Tgu-Mir-133-P3-v1 Tgu-Mir-133-P4-v1 Tni-Mir-133-P1-v1 Tni-Mir-133-P2a-v1 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P1a-v1 Xla-Mir-133-P1b-v1 Xla-Mir-133-P2c-v1 Xla-Mir-133-P2d-v1 Xla-Mir-133-P3a-v1 Xla-Mir-133-P3b-v1 Xla-Mir-133-P4a Xla-Mir-133-P4b Xtr-Mir-133-P1-v1 Xtr-Mir-133-P2-v1 Xtr-Mir-133-P3-v1 Xtr-Mir-133-P4-v1

Node of Origin (locus)

Bilateria

Node of Origin (family)

Bilateria

Genome context
(ce11)

chrI: 7887390-7887452 [+] UCSC Ensembl

Seed

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

AUAAUUAUUCACUGAAUUCAAUGUUGGAGAGCUAUUUGCAAGGUACCUAAUUGUUUGAUUAUUGAUUCUCAAUUGGUCCCCUCCAAGUAGCUCUAUUGCAUUGUUUGCUUAUUUUCCCCCGAA

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50        60 
AUAAUUAUUCACUGAAUU--|     UGG           CAA  U   U     UUUGAUU 
                    CAAUGU   AGAGCUAUUUG   GG ACC AAUUG       A
                    GUUACG   UCUCGAUGAAC   CC UGG UUAAC       U
AAGCCCCCUUUUAUUCGUUU^     UUA           CUC  C   -     UCUUAGU 
 120       110       100        90        80         70

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

No

Motifs

No

Tissue expression

-

+

Da	Ea	Mi	Wi	Yo	Yo

Star sequence

Cel-Mir-133_5p*

mirBase accession

Sequence

0- GCUAUUUGCAAGGUACCUAAUUG -23

Get sequence

Mature sequence

Cel-Mir-133_3p

mirBase accession

Sequence

41- AUUGGUCCCCUCCAAGUAGCUC -63

Get sequence

Proposed targets

microrna.org: MIMAT0000301
TargetScanWorm: cel-miR-245