| MirGeneDB ID | Pmi-Mir-133-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pmi-mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pmi-Mir-133-P9a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cgi-Mir-133 Cin-Mir-133 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Efe-Mir-133 Esc-Mir-133 Hme-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lgi-Mir-133 Obi-Mir-133 Ovu-Mir-133 Spu-Mir-133 Tca-Mir-133 Xbo-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. miniata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pmin1) |
JH774055.1: 26185-26245 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P9b) |
Mir-133-P9a
JH774055.1: 26185-26245 [+]
Mir-133-P9b JH774055.1: 26185-26245 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUGGGUUUUCAUCAUUUUACUGCGCUUUAGCUGGUAAACGGGAACCAAAUCGUGGCCUUGUGUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCCGUAGCACAGCAUUCUUGCAACUGGGACGCAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCAUGGGUUUUCAUCAUUUUA--| C UUA AAAC A GUGGCC CUG GCU GCUGGU GGG ACCAAAUC \ GAC CGA CGACCA CCC UGGUUUAG U CUACGCAGGGUCAACGUUCUUAC^ A UGC ACUU C GUGUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pmi-Mir-133-P9b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUAAACGGGAACCAAAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pmi-Mir-133-P9b_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0032159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCCGU -61
Get sequence
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