| MirGeneDB ID | Csc-Mir-133-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Mir-133-P19a Csc-Mir-133-P19b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aga-Mir-133 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spu-Mir-133 Tca-Mir-133 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019385988.1: 43287-43351 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P18) |
Mir-1-P18b
NW_019385988.1: 4423-4484 [+]
Ensembl
Mir-133-P18 NW_019385988.1: 43287-43351 [+] Ensembl |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAUUGUGAAGAAGUGCAAUGCUACGCUUUAGCUGGUUGAAUUCGGGCCAAAUUGUUUUCCAUAUAAUAGCAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGUUGGCAUUUUUCACAACAUCGUAGAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUUGUGAAGAAGUGC---| C U UUC UGUUUUCC AAUGCUA GCU UAGCUGGUUGAA GGGCCAAAU A UUACGGU UGA GUCGACCAACUU CCUGGUUUA U CAAAGAUGCUACAACACUUU^ - U CC- CGAUAAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Csc-Mir-133-P18_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUUGAAUUCGGGCCAAAU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Csc-Mir-133-P18_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -65
Get sequence
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