| MirGeneDB ID | Loc-Mir-133-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-133-P1-v1 Loc-Mir-133-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P2-v1 Aga-Mir-133 Ami-Mir-133-P2-v1 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Bta-Mir-133-P2-v1 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cfa-Mir-133-P2-v1 Cin-Mir-133 Cja-Mir-133-P2 Cli-Mir-133-P2-v1 Cpi-Mir-133-P2-v1 Cpo-Mir-133-P2-v1 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dno-Mir-133-P2-v1 Dpu-Mir-133 Dre-Mir-133-P2a-v1 Dre-Mir-133-P2b-v1 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Eca-Mir-133-P2-v1 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Ete-Mir-133-P2-v1 Gga-Mir-133-P2-v1 Gja-Mir-133-P2-v1 Gmo-Mir-133-P2a-v1 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Hsa-Mir-133-P2-v1 Isc-Mir-133 Laf-Mir-133-P2 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P2 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mal-Mir-133-P2a-v1 Mdo-Mir-133-P2-v1 Mgi-Mir-133 Mml-Mir-133-P2-v1 Mmr-Mir-133-P2-v1 Mmu-Mir-133-P2-v1 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P2-v1 Oan-Mir-133-P2-v1 Obi-Mir-133 Ocu-Mir-133-P2-v1 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pab-Mir-133-P2 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P2-v1 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pma-Mir-133-o2-v1 Pve-Mir-133 Rno-Mir-133-P2-v1 Rph-Mir-133 Sha-Mir-133-P2-v1 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P2 Spu-Mir-133 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P2-v1 Tni-Mir-133-P2a-v1 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P2c-v1 Xla-Mir-133-P2d-v1 Xtr-Mir-133-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG1: 45092156-45092215 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P2-v1) |
Mir-1-P2
LG1: 45090601-45090660 [+]
Ensembl
Mir-133-P2-v1 LG1: 45092156-45092215 [+] Ensembl Mir-133-P2-v2 LG1: 45092156-45092215 [+] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-133-P2-v1 |
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| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAGGACUGAAGGAACACGUCUUGCUGUGGCUGGUCAAACGGAACCAAGUCAGGCGUUUCAGUGAGGUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUACUGCGCCGUGAACUGAGCCAGCAGGAGACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUCAGGACUGAAGGAAC----| UCU U CA C A GU AGGCGU ACG UGC GUGGCUGGU AA GG ACCAA C U UGC GCG CAUCGACCA UU CC UGGUU G U UCAGAGGACGACCGAGUCAAG^ C-- U AC C C UG AGUGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-133-P2-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUCAAACGGAACCAAGUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-133-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUA -60
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-133-P2-v2 |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAGGACUGAAGGAACACGUCUUGCUGUGGCUGGUCAAACGGAACCAAGUCAGGCGUUUCAGUGAGGUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUACUGCGCCGUGAACUGAGCCAGCAGGAGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCAGGACUGAAGGAAC----| UCU U CA C A CAGGCGU ACG UGC GUGGCUGGU AA GG ACCAAGU U UGC GCG CAUCGACCA UU CC UGGUUUG U UCAGAGGACGACCGAGUCAAG^ C-- U AC C C GAGUGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-133-P2-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUCAAACGGAACCAAGU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-133-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUA -60
Get sequence
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