| MirGeneDB ID | Bla-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aga-Mir-133 Asu-Mir-133 Bfl-Mir-133-v1 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pfl-Mir-133-v1 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sko-Mir-133-v1 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spu-Mir-133 Tca-Mir-133 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000092: 690181-690240 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-v1) |
Mir-133-v1
Sc0000092: 690181-690240 [-]
Ensembl
Mir-133-v2 Sc0000092: 690181-690240 [-] Ensembl Mir-1 Sc0000092: 697292-697351 [-] Ensembl |
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| Variant | Bla-Mir-133-v1 |
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| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUGCCAAGUAUCAGGGAUGCUGUGCUAAAGCUGGUAAAUUGGAACCAAAUCAACUCCUCAAUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGCAUUGCAUUUUCAACCGCACAUUCAUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUUGCCAAGUAUCAGG--| U A AAAUU A AACUC GAUGC GUGCUA AGCUGGU GG ACCAAAUC C UUACG UACGAU UCGACCA CC UGGUUUAG U GCUACUUACACGCCAACUU^ U G ACUUC C GUAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-133-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUAAAUUGGAACCAAAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-133-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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| Variant | Bla-Mir-133-v2 |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUGCCAAGUAUCAGGGAUGCUGUGCUAAAGCUGGUAAAUUGGAACCAAAUCAACUCCUCAAUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGCAUUGCAUUUUCAACCGCACAUUCAUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUUGCCAAGUAUCAGG--| U A AAAUU A CAACUC GAUGC GUGCUA AGCUGGU GG ACCAAAU C UUACG UACGAU UCGACCA CC UGGUUUA U GCUACUUACACGCCAACUU^ U G ACUUC C GGUAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-133-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUAAAUUGGAACCAAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-133-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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