| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aga-Mir-133 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Bla-Mir-133-v1 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pfl-Mir-133-v1 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sko-Mir-133-v1 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spu-Mir-133 Tca-Mir-133 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
538437112_AFPZ209224: 434-493 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-v1) |
Mir-133-v1
538437112_AFPZ209224: 434-493 [+]
UCSC
Mir-133-v2 538437112_AFPZ209224: 434-493 [+] UCSC |
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| Variant | Bfl-Mir-133-v1 |
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| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUGCCAAGUAUCAGGGAUGCUGUGCUAAAGCUGGUACAUUGGAACCAAAUCAACUCCUCAAUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGCAUUGCACUUUUCAAGCGCACAUUCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUUGCCAAGUAUCAGGGA--| U A ACAUU A AACUC UGC GUGCUA AGCUGGU GG ACCAAAUC C ACG UACGAU UCGACCA CC UGGUUUAG U CUACUUACACGCGAACUUUUC^ U G ACUUC C GUAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Star sequence | Bfl-Mir-133-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUACAUUGGAACCAAAUC -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Bfl-Mir-133-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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| Variant | Bfl-Mir-133-v2 |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUGCCAAGUAUCAGGGAUGCUGUGCUAAAGCUGGUACAUUGGAACCAAAUCAACUCCUCAAUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGCAUUGCACUUUUCAAGCGCACAUUCAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUUGCCAAGUAUCAGGGA--| U A ACAUU A CAACUC UGC GUGCUA AGCUGGU GG ACCAAAU C ACG UACGAU UCGACCA CC UGGUUUA U CUACUUACACGCGAACUUUUC^ U G ACUUC C GGUAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-133-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUACAUUGGAACCAAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-133-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
|
