| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-133-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-133a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-133-P2-v1 Xtr-Mir-133-P3-v1 Xtr-Mir-133-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P1-v1 Aga-Mir-133 Ami-Mir-133-P1-v1 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Bta-Mir-133-P1-v1 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cfa-Mir-133-P1-v1 Cin-Mir-133 Cja-Mir-133-P1 Cli-Mir-133-P1-v1 Cmi-Mir-133-P1-v1 Cpi-Mir-133-P1-v1 Cpo-Mir-133-P1-v1 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dno-Mir-133-P1-v1 Dpu-Mir-133 Dre-Mir-133-P1-v1 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Eca-Mir-133-P1-v1 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Ete-Mir-133-P1-v1 Gga-Mir-133-P1-v1 Gja-Mir-133-P1-v1 Gmo-Mir-133-P1-v1 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Hsa-Mir-133-P1-v1 Isc-Mir-133 Laf-Mir-133-P1-v1 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P1 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Loc-Mir-133-P1-v1 Mal-Mir-133-P1-v1 Mdo-Mir-133-P1-v1 Mgi-Mir-133 Mml-Mir-133-P1-v1 Mmr-Mir-133-P1-v1 Mmu-Mir-133-P1-v1 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P1-v1 Neu-Mir-133-P1-v1 Oan-Mir-133-P1-v1 Obi-Mir-133 Ocu-Mir-133-P1-v1 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pab-Mir-133-P1 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P1-v1 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pma-Mir-133-o1-v1 Pve-Mir-133 Rno-Mir-133-P1-v1 Rph-Mir-133 Sha-Mir-133-P1-v1 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P1 Spu-Mir-133 Sto-Mir-133-P1-v1 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P1-v1 Tni-Mir-133-P1-v1 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P1a-v1 Xla-Mir-133-P1b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr6: 93550870-93550929 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P1-v1) |
Mir-133-P1-v1
chr6: 93550870-93550929 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P1-v2 chr6: 93550870-93550929 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P1 chr6: 93553291-93553351 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-133-P1-v1 |
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| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUCUUAGUGCGCUGCAAUGCUUUGCUAAAGCUGGUAAAAUGGAACCAAAUCACCUCUUCAAUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGGAUUGCAUUGAGGACUACAUAUCUACGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAUUCUUAGUGCGCUGC--| UUUG A AA U A ACCUC AAUGC CUA AGCUGGU AA GG ACCAAAUC U UUACG GAU UCGACCA UU CC UGGUUUAG U GGCAUCUAUACAUCAGGAG^ UUAG G AC C C GUAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-133-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUAAAAUGGAACCAAAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-133-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-133a |
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| Variant | Xtr-Mir-133-P1-v2 |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUCUUAGUGCGCUGCAAUGCUUUGCUAAAGCUGGUAAAAUGGAACCAAAUCACCUCUUCAAUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGGAUUGCAUUGAGGACUACAUAUCUACGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAUUCUUAGUGCGCUGC--| UUUG A AA U A CACCUC AAUGC CUA AGCUGGU AA GG ACCAAAU U UUACG GAU UCGACCA UU CC UGGUUUA U GGCAUCUAUACAUCAGGAG^ UUAG G AC C C GGUAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-133-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUAAAAUGGAACCAAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-133-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-133a |
