| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-133-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-133-P11 Lpo-Mir-133-P12 Lpo-Mir-133-P14 Lpo-Mir-133-P15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aga-Mir-133 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spu-Mir-133 Tca-Mir-133 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666362.1: 110073-110136 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P13) |
Mir-133-P13
NW_013666362.1: 110073-110136 [-]
Ensembl
Mir-1-P13 NW_013666362.1: 150600-150660 [-] Ensembl |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUGAUACGUCUAUGGCAUGCUAAGCUUUAGUUGGUUGACACUGGGCCAAAUUGGCCUAGCCUCACUCCAUUUGGUCCCCUUCAACCAACUGUAGCUGGCAUUCUCGACAGCAUAACGUCACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGUGAUACGUCUAUGGC---| A U CACU UGGCCUAG AUGCUA GCU UAGUUGGUUGA GGGCCAAAU \ UACGGU CGA GUCAACCAACU CCUGGUUUA C GCACUGCAAUACGACAGCUCU^ - U UCC- CCUCACUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lpo-Mir-133-P13_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGGUUGACACUGGGCCAAAU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Lpo-Mir-133-P13_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUGGUCCCCUUCAACCAACUGU -64
Get sequence
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