| MirGeneDB ID | Mmu-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Let-7-P1b Mmu-Let-7-P1c Mmu-Let-7-P1d Mmu-Let-7-P2a1 Mmu-Let-7-P2a2 Mmu-Let-7-P2a3 Mmu-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b2 Mmu-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c2 Mmu-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 151913229-151913307 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3) |
Let-7-P2a3
chrX: 151912353-151912423 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b3 chrX: 151913229-151913307 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUUACUAGACACAUCUGCACAUGCUGGGGUGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUUGUGGGGUAGGGAUUUUAGGCCCCAGUAAGAAGAUAACUAUACAACUUACUACUUUCCUUGGUGUGUGGCAUAUUCACAUUAAGUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUACUAGACACAUCUG--| UG U U GUGGGGUAGGGAUUUU CACAUGC GGG GAGGUAGUAAGUUGUAU GUU A GUGUGUG UCC UUUCAUCAUUCAACAUA CAA G UUCUGAAUUACACUUAUACG^ GU - U UAGAAGAAUGACCCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Let-7-P2b3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000545 TargetScanVert: mmu-miR-98-5p miRDB: MIMAT0000545 |
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| Star sequence | Mmu-Let-7-P2b3_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
58- CUAUACAACUUACUACUUUCC -79
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-98-3p miRDB: MIMAT0017023 |
