MirGeneDB ID | Cpo-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Let-7-P1b Cpo-Let-7-P1c Cpo-Let-7-P1d Cpo-Let-7-P2a1 Cpo-Let-7-P2a2 Cpo-Let-7-P2a3 Cpo-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b2 Cpo-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c2 Cpo-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_139: 1795150-1795228 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3) |
Let-7-P2a3
scaffold_139: 1794194-1794264 [+]
UCSC
Let-7-P2b3 scaffold_139: 1795150-1795228 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUUAUUAAAAUAUCCCGCUUGUGCUGGGGUGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUUGUGGGGUAAGGAUUUAAGGCCCCAUUAAGAAGAUAACUAUACGACUUACUACUUUCCCUGGUGUAUAGCAUACUCACUUGAGUCUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUAUUAAAAUAUCCC- -| UG UG U U GUGGGGUAAGGAUUUA GCU UG C GGG GAGGUAGUAAGUUGUAU GUU A CGA AU G CCC UUUCAUCAUUCAGCAUA CAA G GUUCUGAGUUCACUCAUA U^ GU GU - U UAGAAGAAUUACCCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Let-7-P2b3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Let-7-P2b3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
58- CUAUACGACUUACUACUUUCC -79
Get sequence
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