| MirGeneDB ID | Dre-Mir-24-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-24-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-24-P1 Dre-Mir-24-P2a Dre-Mir-24-P3 Dre-Mir-24-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P2 Ami-Mir-24-P2 Bta-Mir-24-P2 Cfa-Mir-24-P2 Cja-Mir-24-P2 Cmi-Mir-24-P2 Cpi-Mir-24-P2 Cpo-Mir-24-P2 Dno-Mir-24-P2 Eca-Mir-24-P2 Ete-Mir-24-P2 Gga-Mir-24-P2 Gmo-Mir-24-P2b Hsa-Mir-24-P2 Laf-Mir-24-P2 Lch-Mir-24-P2 Loc-Mir-24-P2 Mdo-Mir-24-P2 Mml-Mir-24-P2 Mmr-Mir-24-P2 Mmu-Mir-24-P2 Mun-Mir-24-P2 Neu-Mir-24-P2 Oan-Mir-24-P2 Ocu-Mir-24-P2 Pab-Mir-24-P2 Pbv-Mir-24-P2 Rno-Mir-24-P2 Sha-Mir-24-P2 Spt-Mir-24-P2 Sto-Mir-24-P2 Tgu-Mir-24-P2 Tni-Mir-24-P2b Xtr-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr8: 30162533-30162590 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P2b) |
Mir-24-P2b
chr8: 30162533-30162590 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2b chr8: 30167449-30167508 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P2b chr8: 30167636-30167695 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUAUGAGAGAUAGAUGGAGCUGGCCUCCCGUGCCUACUGAGCUGAUUACAGUACUGUGCAAACACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUCUGGUCCACAAACUCCACCAAACACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAUAUGAGAGAUAGAUGGA--| UG C C G A UUA ACUGU GC G CUCC GU CCU CUGAGCUGA CAGU \ UG C GAGG CA GGA GACUUGACU GUCA G UCACAAACCACCUCAAACACC^ GU U A A C CG- CAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm and this arm is highly expressed relative to the corresponding 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dre-Mir-24-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAUUACAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dre-Mir-24-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-24 |
