| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-mir-24-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P2 Ami-Mir-24-P2 Bta-Mir-24-P2 Cfa-Mir-24-P2 Cja-Mir-24-P2 Cmi-Mir-24-P2 Cpi-Mir-24-P2 Cpo-Mir-24-P2 Dno-Mir-24-P2 Dre-Mir-24-P2a Dre-Mir-24-P2b Eca-Mir-24-P2 Ete-Mir-24-P2 Gga-Mir-24-P2 Gmo-Mir-24-P2b Hsa-Mir-24-P2 Laf-Mir-24-P2 Lch-Mir-24-P2 Loc-Mir-24-P2 Mdo-Mir-24-P2 Mml-Mir-24-P2 Mmr-Mir-24-P2 Mmu-Mir-24-P2 Mun-Mir-24-P2 Neu-Mir-24-P2 Oan-Mir-24-P2 Ocu-Mir-24-P2 Pab-Mir-24-P2 Rno-Mir-24-P2 Sha-Mir-24-P2 Spt-Mir-24-P2 Sto-Mir-24-P2 Tgu-Mir-24-P2 Tni-Mir-24-P2b Xla-Mir-24-P2c Xla-Mir-24-P2d Xtr-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE954626.1: 205436-205495 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P2) |
Mir-23-P2
KE954626.1: 204684-204743 [+]
Mir-27-P2 KE954626.1: 204891-204953 [+] Mir-24-P2 KE954626.1: 205436-205495 [+] |
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| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCCAGGCUGUUGAUGGACCCGUCCUCCGGUGCCUACUGAGCUGAUAUCAGUUCUGAUUUUACAUACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUCGAGCCCUAAAGCAAAAAAUAAAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUCCAGGCUGUUGAUGGACC---| UC G G A UA UCUGAU CG CUCC GU CCU CUGAGCUGA UCAGU \ GC GAGG CA GGA GACUUGACU GGUCA U AAAAAAUAAAAAACGAAAUCCCGA^ U- A A C C- UACAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-24-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAUAUCAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pbv-Mir-24-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -60
Get sequence
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